Η φυλάκιση ανηλίκων υπονομεύει τη δημόσια ασφάλεια, βλάπτει σοβαρά τη σωματική και ψυχική υγεία των νέων που φυλακίζονται, καθυστερεί την εκπαίδευσή τους και συνήθως τους εκθέτει σε κακοποίηση.
Ο αριθμός των ανηλίκων που φυλακίζονται έχει μειωθεί σημαντικά παγκοσμίως τα τελευταία 20 χρόνια (με εξαίρεση ίσως τις ΗΠΑ), λόγω του ότι πλέον υπάρχουν συντριπτικά πολλά στοιχεία που δείχνουν ότι η φυλάκιση είναι αναποτελεσματική στρατηγική για να αποτραπούν οι ανήλικοι από παραβατικές συμπεριφορές και δεν αποτελεί αποτελεσματική λύση για καλύτερη δημόσια ασφάλεια.
Μελέτες έχουν δείξει ότι οι ανήλικοι που φυλακίζονται για ένα διάστημα, εμφανίζουν υψηλά ποσοστά εκ νέου συλλήψεων, νέων καταδικαστικών αποφάσεων και νέων φυλακίσεων, και στην εφηβική αλλά και στην κατοπινή ενήλικη ζωή τους. Ενώ αντίθετα πάλι οι μελέτες δείχνουν ότι τιμωρίες όπου ο ανήλικος βρίσκεται εκτός φυλακής, αλλά υπό επιτήρηση και σε κοινωνικού τύπου ποινές (π.χ. κοινωφελή εργασία), είναι πιο αποτελεσματικές για μη υποτροπή στο έγκλημα.
Οι ίδιες μελέτες δείχνουν ότι και η προφυλάκιση των ανηλίκων ώσπου να εκδικαστεί το έγκλημα για το οποίο κατηγορούνται, συντελεί στα ίδια ποσοστά υποτροπών.
Επίσης έχει διαπιστωθεί πως η μεγάλη πλειοψηφία των ανηλίκων που αποφυλακίζονται, δεν τελειώνουν το Λύκειο ή το Γυμνάσιο, και σαν ενήλικοι έχουν πολύ υψηλότερα ποσοστά φτώχειας και ανεργίας.
Η φυλάκιση επίσης των ανηλίκων έχει αποδειχθεί ότι προκαλεί πολύ περισσότερα και σοβαρότερα προβλήματα υγείας από ότι σε ενήλικες φυλακισμένους. Συχνά υποφέρουν από οδοντιατρικά, οφθαλμολογικά, ακουστικά προβλήματα, που ίσως τα έχουν από πριν φυλακιστούν και στη ν περίοδο της φυλάκισης επιδεινώνονται, λοιμώδεις ασθένειες και τραυματισμούς. Επίσης είναι πολύ συχνό φαινόμενο σε ανήλικους φυλακισμένους η κατάθλιψη, η μετατραυματική διαταραχή και η αυτοκτονικότητα. Φυλάκιση στην ανήλικη ζωή κάποιου συνδέεται με χαμηλότερο προσδόκιμο ζωής.
Επιπλέον οι φυλακές ανηλίκων παγκοσμίως πάντα χαρακτηρίζονταν από την ύπαρξη υψηλών ποσοστών κακομεταχείρισης και κακοποίησης. Πολύ συχνά ανήλικοι φυλακισμένοι υφίστανται σωματική βία ή σεξουαλική κακοποίηση από άλλους συγκρατούμενούς τους ή από δεσμοφύλακες, ή έχουν βιώσει άμεση επαφή ως μάρτυρες σε τέτοια περιστατικά.
Ο ανθρώπινος εγκέφαλος ωριμάζει πλήρως γύρω στην ηλικία των 25 ετών. Αυτή η ανωριμότητα του εγκεφάλου κάνει τους εφήβους να είναι πιο εύκολο να παραβούν το νόμο ή να επιδοθούν σε επικίνδυνες συμπεριφορές. Όσο αναπτύσσεται ο εγκέφαλος, η συντριπτική πλειοψηφία των νέων περιορίζει την παραβατική συμπεριφορά. Χαρακτηριστικό είναι ότι το 63% των ανηλίκων που θα εμπλακούν με το νομικό σύστημα κάποια στιγμή, δε θα ξανά απασχολήσουν τις αρχές για κάποιου είδους εγκληματικότητα.
Οι έρευνες έχουν καταδείξει ότι για να είναι ικανοί οι νέοι να μην ξανά κυλήσουν σε εγκληματικές συμπεριφορές, χρειάζεται να σημειώσουν πρόοδο στο να αναπτύξουν «ψυχοκοινωνική ωριμότητα», δηλαδή να μπορούν να ελέγχουν τις παρορμήσεις τους, να αντέχουν την μη άμεση ικανοποίηση των επιθυμιών τους, να υπολογίζουν τις επιπτώσεις των πράξεών τους, να μπορούν να βλέπουν τα πράγματα και από την οπτική ενός άλλου ατόμου και να αντιστέκονται στην πίεση που θα νιώσουν από τους συνομηλίκους τους. Η φυλάκιση στους ανήλικους καθυστερεί αυτού του είδους την ψυχολογική ωρίμανση.
Τραυματικά γεγονότα της πρώιμης παιδικής ηλικίας συχνά οδηγούν σε παραβατικές συμπεριφορές στην εφηβεία. Ο εγκέφαλος εμποδίζεται από το να ωριμάσει σωστά, οι νέοι αυτοί εμφανίζουν έτσι δυσκολία ελέγχου των παρορμήσεών τους κι οδηγούνται σε παραβατική και εγκληματική συμπεριφορά. Η τυχόν φυλάκιση σε τέτοιες περιπτώσεις, όντας κι αυτή μια σοβαρή τραυματική εμπειρία, επιδεινώνει αυτού του τύπου τα φαινόμενα σε αυτούς τους νέους.